在中国地图的框架里，占据着全国六分之一陆疆面积的新疆地处西北一隅。但如果以整个欧亚大陆作为背景去看新疆，它所占据的似乎又是一个相当中心的位置。这并不完全是因为它恰好坐落在上述这片地域空间的中心地带，更多的还是取决于它作为沟通东亚与西亚乃至欧洲陆上经济－文化及政治联系的瓶颈地区所拥有的特殊的地形地貌特征。
在新疆以南，自帕米尔山结向东伸展，将人迹罕至的藏北羌塘高地北缘及西缘围隔起来的昆仑山、喀喇昆仑山（主峰乔戈里山在中国新疆和巴基斯坦边境，海拔8611 米，是世界第二高峰）、拉达克山与喜马拉雅山等险峻的丛岭，连同藏北高原本身，在极大的空间范围内构成难以逾越的巨型自然屏障。在这整个区域内，东西交通几无可能。
北部新疆以西和以东，是横贯中部欧亚的草原及半草原带，那里是游牧人群得天独厚的乐土。草原上的“路”只属于游牧人，外来人想要通过草原，就必须与游牧团队同行止，以求一路上获得后者的照应；但是他们因此也就很难达到原有的旅行目的，无论是行商、传教或出使。他们也可以独自进入大草原，但必须保证在每一个需要物资补给和前行向导的关键时间节点上，很幸运地与刚好经过那里的游牧人相遇；当然不大会有人愿意冒这个险。因此，在看来一望无际、可以任人过往的草原上，却很难形成通达西东的有效的长途路线。
新疆地理位置的特殊性，由此便突显出来：这里有两条沿途点缀着诸多绿洲的沙漠道路，分别位于塔里木盆地的南、北两缘，可以打通东亚与西半部分中亚乃至南亚之间的往来联系。此外，沿着天山北麓往西，还有一条草原路，在现代被人们称为“天山廊道”，它是东部游牧人往返中亚绿洲农耕区时最常使用的路线。
就其地形而言，这个“瓶颈”区位由三条大山脉，即阿尔泰山、天山和昆仑山（喀喇昆仑山－阿尔金山），以及四个盆地，即准噶尔盆地、塔里木盆地、吐鲁番盆地和哈密盆地构成。
天山由西向东把新疆分成两个部分，即所谓北疆和南疆。北疆大体呈三角形状，分别以天山和阿尔泰山为三角形的底边和右边。夹在阿尔泰山和天山之间的是准噶尔盆地。南疆以天山和昆仑山为北、南界山，中间是椭圆形的塔里木盆地。在塔里木盆地的东北，还有两个盆地——哈密和吐鲁番盆地，在天山东端（博格达山）与东部天山支脉库鲁克塔格之间东西排列。
位于塔里木盆地中心的塔克拉玛干沙漠，东西长度近一千公里，是中国最大的沙漠，世界第二大的流动沙漠。流沙堆积的高度可达一百米。这里的年平均蒸发量是年均降水量的三十多倍，夏季空气的绝对湿度接近于零。世界上的“旱极”（最干旱地带），即干涸的罗布泊湖盆盐壳滩地，就位于沙漠东端。吐鲁番盆地则是中国最低的内陆盆地，其底部的艾丁湖湖面海拔为-154 米，它的海平面之低在世界上仅次于死海。
天山以北的准噶尔盆地，自然条件没有那么严酷，大体属于欧亚草原世界的一部分。
最近两三百万年里，新疆地表面貌的变化，应是强日照、风蚀风化、冰川发育与雪山融水侵蚀沉淀等环境过程的结果。若以更大的时空尺度看问题，则影响该地区地貌变迁的更深沉的内因，还是新疆及其邻近地域的地质结构过程，包括陆块漂移以及它们之间的碰撞挤压，海洋地壳的退缩，地槽裂陷，板块地层的俯冲、抬升或褶皱而导致的造山运动等。
从晚古生代到中生代（约四亿年至六千五百万年前），新疆及相关地区构造过程中经历的重大地质事件先后有：西伯利亚地块与携带着准噶尔断块作为其伸延部分的哈萨克斯坦尼亚小陆块相撞，安加拉古陆形成；安加拉古陆与波罗的地块相撞，乌拉尔山在此后隆起，联合大陆形成；中朝－塔里木板块与联合大陆相撞，天山、阿尔金山隆起；作为“形成于相撞的哈萨克斯坦、西伯利亚和塔里木克拉通之间的一条褶皱带”，阿尔泰山造山运动也在此处发生；羌塘－印度支那陆块与联合大陆拼合，昆仑山随后形成于塔里木以南；联合大陆在侏罗纪（约二亿年至一点四亿年前）前期分离为冈达瓦纳和劳亚两个超大陆；侏罗纪中晚期，辛梅里安地块自南向北冲撞劳亚大陆，在羌塘南缘与藏南地块拼合；劳亚大陆在白垩纪（一点四亿年至六千五百万年前）分离为北美地块和欧亚地块。
新生代（前六千五百万年至今）最重大的相关地质事件，无疑应属约四千万年前发生的印度小陆块向北楔入亚洲大陆的运动及其引发的后来的喜马拉雅造山运动。“……印度地块在后冲撞时期的向北凹陷，产生出两千公里的地壳退缩（基于古地磁证据），并且引起业已拼合的这一板块联合体内各主要部分的再度变形。”源于喜马拉雅造山运动的大规模挤压和陆内俯冲，不但促成天山、昆仑山等山岭持续增高，使阿尔泰山体断块沿原先的断裂带位移上升，“同时也就形成了多阶段连续性的陆相盆地发育。在准噶尔南缘、塔里木南缘和北缘、柴达木盆地，以及河西走廊各盆地，都形成极厚的堆积。从盆地周边沉积相和厚度分析，挤压力不独来自南方，而常常是双向挤压的结果。”［1］
当中国古人说到“高岸为谷”“沧海桑田”时，其本意也许只是借用夸张的比喻，极言造化盈亏更易之剧烈。他们无论如何也想不到，现代地质科学真的可以为我们证明高山夷平而再突起、大陆聚合却又漂离的那段漫长而让人惊异的地球演变历史。
尽管被天山所分割的南北疆地形的特征都可以用“盆地”这个词概括，但两类盆地的自然环境大不一样。“天山的北坡受西伯利亚的气候影响，森林茂繁。漠北蒙古山脉的北坡大致也是如此。不过，漠北蒙古诸山的南坡面对的是一个逐渐消失在沙漠中的草原，而天山的南坡却面对着大戈壁，一片极干燥、没有雨量、没有真正牧场的沙漠。”［2］
南疆的人类活动区域，主要集中在流入塔里木盆地的许多雪山河流边的农耕定居点。象征着生命气息的绿色，星散在将它们互相隔绝、孤立开来的黄色沙漠中，形成十分显眼的“绿洲”景观。蜿蜒于塔里木北缘的天山，其雪线比塔里木南缘的昆仑山雪线低近千米，因此在天山南坡才可能培育出较大规模的绿洲城市，著名者如库车、阿克苏、喀什等。昆仑山北坡的雪线较高，雪山河往往从某处潜入地下，而后又再度露出地表。那里的绿洲没有分布在塔里木北缘的那么大。
南疆诸盆地中的这种人类生存环境，实际上与它以东的河西走廊以及它西面的广大中亚地区有很大的相似性。所以R·N·弗拉埃说：“从近东的伊朗直到中国甘肃省的历史，基本上是一部大大小小的绿洲的历史。甚至像费尔干纳和伊犁河谷这样的盆地，也可以被描述为特别巨大的绿洲，尽管二者的边界都由山脉而不是荒漠所构成。”“无论如何，生活在一个绿洲里的感觉对所有的人都是一样的。可耕地的开辟基本是灌溉的结果。从发育于冰川的河水引流的沟渠，使中亚的大量人口能依赖一直逼近到周围高山和沙漠之边的农耕而生存下来，并且取得繁荣。”［3］
虽然南疆历史上也曾存在过一些以流动畜牧甚至捕鱼为生的人群，但它的人口主体主要还是靠绿洲农业维持生计。另外，绿洲人也参与长途的过境贸易，经营为途经其所在地的长途客旅所需要的各种服务业。由西向东排列在近乎同纬度线上的诸多绿洲出产几乎相同，基本上处于自给自足的状态，因此它们之间很少有必需的日常生活物资的互补性交流。相反，在过境长途贸易和针对过境客旅的服务业方面，它们之间存在相互竞争的潜在紧张。倒是在每一条雪山河所流经的若干台地上纵向排列的大小绿洲之间，可以形成某种资源互补。这就导致绿洲之间缺乏横向联系的动力，缺少将它们联合为较大的政治－经济－文化实体的内部动力。南疆诸绿洲，其统一往往来自外部势力，因而被从远处进行统治，并被合并在一个更大的政治实体之中。
准噶尔盆地也带有更多地向西开放的性格。“沿着它的大部分西部边界，可以毫无障碍地进入哈萨克斯坦的七河地区。准噶尔的各放牧草地在历史上一般与塔拉斯河、楚河及七河流域其他河流的分水诸岭构成同一［地理］单元。”［4］这个单元的西部，一直伸展到锡尔河的东岸。所以松田寿南在阐释“亚细亚史的基础”时，将亚洲解析为“东亚农耕世界”“游牧世界”“绿洲世界”和“南亚农耕世界”四个主要部分，而前三者之间的分界线则为长城和“天山－锡尔河”沿线［5］。从蒙古草原翻越阿尔泰山，经过阿尔泰南坡和天山北坡的草原，可以向西一直联通哈萨克斯坦草原、乌拉尔草原、南俄草原和卡尔巴契亚草原。在这条路线上，分隔蒙古高原和准噶尔地区的阿尔泰山并不构成游牧人无法通过的天险。起源于此地的古代突厥人，除了用“塔格”（tagh）来称呼一般意义的山岭外，还用另一个词语yish 来指称“大山脉中的森林与草原或山中牧场”。他们不把阿尔泰山叫作“阿勒坦塔格”，而称之为“阿勒坦yish”（阿勒坦译言“金”）［6］。可见它是一道可以容留游牧人带着畜群穿行其间的大山脉。
北疆除了可供游牧之用的草滩，也有一些绿洲。它们常被移动的游牧人控制。北疆绿洲与南疆绿洲朝向灌溉农业的单向发展不同，呈现出在源于草原基盘的几种不同的发展可能性中摇摆变化的趋势。明清以七河流域和准噶尔盆地为核心势力地区的卫拉特蒙古（西蒙古），曾向东控制蒙古草原，向南控制南疆、青海和西藏。在清前期延续康熙、雍正、乾隆三朝之久的统一西北的战事中，它的自始至终的主要对手，不就是卫拉特蒙古吗？
除去来自北方的政治军事势力如卫拉特蒙古，历史上控制过南疆的外部政治势力，还有来自塔里木盆地以外东、西、南三个方向的。
吐蕃王朝强大起来后，为与唐争夺外部空间，从位于藏地西端的克什米尔出兵中亚。747年，戍守西域的唐军在高句丽出身的将领高仙芝的率领下由北向南穿越帕米尔高原，在瓦罕河谷之南兴都库什山脉中的“连云堡”与吐蕃军队鏖战获胜，一时阻止了吐蕃西进的兵锋。755 年安史之乱后，唐撤回全部西域戍兵。吐蕃遂从甘青出藏，控制河西走廊、南北疆，西至费尔干纳盆地近一百年。正因为如此，敦煌文书中才会留下那么多重要的吐蕃文书。
由西向东控制过南北疆的，有喀喇汗王朝、察合台汗国、叶尔羌王国等。它们都在经历版图扩张后又分裂为东西两部分，而分裂后的东部又总是以新疆为其主体部分。这一事实说明，立国于中亚的诸政权还不具备足够的政治控制能力，可以把新疆地区巩固地纳入其疆域之中。
由东向西将南北疆纳入版图的，则有汉、晋与唐，以及元、清等王朝。中国创造了世界上最早发达起来的专制君主官僚制国家体系。东亚政治体系的中央集权化程度之高，世无其匹。因此，自汉唐以降，对新疆产生着重大的政治、经济和文化影响。据《汉书·西域传下》，西汉后期龟兹（今库车）王娶了一个出嫁到乌孙的汉朝公主之女，遂入朝长安，留驻一年，后来又数次来朝。他在本国使用汉朝的衣服、宫室制度，出入传呼采用撞钟击鼓的汉宫仪式。西域胡人皆曰：“驴非驴，马非马，若龟兹王，所谓驘也。”（驘，音luo，骡，驴父马母或马父驴母所出。马母生者谓马骡，驴母生者谓驴骡）。此王死后，其子仍自谓“汉外孙”，成帝、哀帝时与汉往来甚勤。唐朝前期为维持西域驻军而支拨到新疆及其邻近地区的绢帛铜钱，成为支撑当地货币经济的重要支付媒介。
来自东方的影响还不止出于汉唐体制的国家。产生于汉文化的专制君主官僚制，迫使与它相毗邻的北亚各非汉族人群为在与其争锋并最终取而代之的政治－军事过程中提高自身实力及权力合法性，而发展出建构大规模“北亚边疆帝国”的强大传统。以元、清为典型的少数民族统一王朝，即以专制君主官僚制和北亚边疆帝国这两大传统立国。新疆被更牢固地纳入中国版图，与清代对它的长时期经略势难相分。
由于存在上述两种来自东方的强大的政治牵引力，新疆最终成为中国疆域的一部分，不能说是偶然发生的。
人群、语言和文化：交往、积淀与变迁
正是在位于上述广袤空间内的这几条狭长通道上，源源不断地来自东方和西方的形形色色的人群，以及他们所携带的语言、物品、技术和观念之间，发生着数不清的交汇和碰撞。日久天长，这些交汇碰撞逐渐积淀于当地的人情风物之中，竟使十分逼仄的人类生存环境呈现出人群及其文化的惊人多样性。尽管上述多样性也在北疆游牧人群和南疆的绿洲农业人群之内各自造成了某种程度的地域差异，但它更显著的特点还在于，多元起源的各种人群构成元素和文化元素，分别在北疆和南疆内部漫长而全方位的社会互动中被“研磨”和相互混合得相当均匀。由于多样化与均质化之间的持续张力作用，经营着相似的游牧或绿洲农耕生活的各人群对于自己的集体身分认同几经转换，他们的语言、宗教和社会文化也曾经发生重大的转变。
不同文化间的交流，可以通过许多不同的载体，如书籍、器物、工艺技术、宗教仪轨及其所含蕴的精神意识等等的流动得以实现。但所有这些都有赖于人群本身的流动来推进。因此，讲述东西文化交流的历史，还需要从人类如何在流动中不断分化和融合的过程说起。
早期人类因流动而产生的群体间分化和融合，被相当系统地记录在他们的基因里。以人类基因组为主要研究材料的分子人类学已经揭示出，近四五千年以来活动在新疆的各人群，其遗传成分来自四面八方：Y 染色体单倍群O 辗转来自东亚，其最主要的携带者即原始汉藏语人群，该单倍群在今日新疆维吾尔、哈萨克和回族中的平均分布频率为24.08％；从北亚南下的原蒙古－通古斯·满语人群以及古叶尼塞语和古西伯利亚语人群，分别带来单倍群C和单倍群Q，二者在前举三个现代民族中的平均分布频率分别为37.50％和5.35％；来自原突厥语人群和欧亚西部各人群所携带的单倍群R、E、F、G、I、J、T，在群体中的平均分布频率总和为24.70％；新疆人群中存在与藏族共享的单倍群N，则反映了由南向北的基因交流，其中的单倍群N1＊很可能起源于喜马拉雅山区东部河谷，并很早分布到新疆，然后融入维吾尔人群之中。
当来自不同人群的遗传成分融合在同一个人群之中时，在这个人群中居于支配地位的那部分人的语言和文化，就可能演变为该人群共有的语言和文化。在南疆绿洲社会，直到9世纪中后叶为止，覆盖其人口主体的语言一向是由西向东扩展的印欧语系诸语言。在历史上分布于新疆境内的印欧语人群可以分为两大系统，即说吐火罗语的人群和说东伊朗语的人群。两种语言虽然同属印欧语系，互相之间却已完全不能听懂。在原始印欧语的演进过程中，它们分化出来的先后次序相差很大。
原始印欧语的起源地，较多的学者认为是在里海和黑海的北部地区。最早从原始印欧语共同体分离出来的人群，自北方翻越高加索山西南行,或绕行黑海西岸进入小亚，在那里形成说安纳托利亚语的印欧人支系。接着又有一支人分离出来，一直向东迁徙，最后进入塔里木盆地，他们的语言被称为吐火罗语。
与吐火罗人东迁几乎不相先后，在朝着相反方向西迁的诸人群中，形成后来的西欧各语族。正因为分散到印欧语扩张地区极东和极西两端的人群都是从还在说相同的原始印欧语的大群体里走出去的，所以虽然两者相隔最远，他们的语言反而最为接近。人群中未曾往东西迁移的那个部分，则逐渐南移，在较靠北的地方形成说北伊朗语的人群。其中继续往南的那部分，先后在印巴次大陆和伊朗高原形成说印度语族和伊朗语族诸语言的人群。公元前第二千纪上半叶，北伊朗语人群扩散到几乎全部欧亚草原及其毗邻地区。
一般都认为，著名的安德罗诺沃考古文化（前1700 年至前1500 年），就是北伊朗语人群的遗存。始于大约公元5 世纪的西部欧亚草原及毗邻绿洲的“突厥化”的过程，大面积覆盖了北伊朗语分布区的西半部分，于是剩下来的一小半北伊朗语地区，看起来好像是位于伊朗语人群的东北方，因此它才会获得东伊朗语的名称。说东伊朗语（“北伊朗语”）的人们在吐火罗人之后也进入了新疆以及河西走廊地区。和田塞语和大月氏人的语言，大约都属于东伊朗语族。根据贝利的见解，河西走廊有不少地名看起来纯出于汉语，其实都是源于外来语的汉字转写。另一方面，我们所熟知的汉语地名“玉门”，则以记音的方式出现在和田塞语的文书里，它被写作Gūkemana［7］。
在罗布泊地区发现的距今3800 年的“楼兰美女”，生前所用的语言，就应当属于一种吐火罗语。
研究这段历史的学者指出，公元前2000 年后的考古证据显示，新疆“最初的农人们”，即吐火罗人和塞人，分别是从塔里木的北方和西方来到这里的。来自东亚的人群进入此地，很可能还要晚一些［8］。他们有些从语言和文化上融入到印欧语的人群之中，也有一些曾长时期保留着属于自己的族群特征。汉代西域的“婼羌”乃至“西夜”等部，大约就是他们的后裔。
文化的传播当然要依赖于一定规模的人口流动。在大多数情况下，由流动人口带入的某些新的文化元素会被整合到当地原有的文化体系之中，演化为其中的一个有机组成部分，佛教在汉地及藏地的“在地化”进程就是最显著的例证。如果这个流动人群极其强大，在他们所到达的地域中占据了支配地位，那么他们也可能全方位地改变那里的文化（包括语言）面貌。在历史上的新疆，即曾发生过这样巨大而深刻的文化变迁。就是在这样的变迁中，除分布在塔什库尔干的说东伊朗语的塔吉克人以及柯尔克孜人之外，南疆成为其人口主体即维吾尔人的世居历史家园，北疆则在稍后形成主要由西蒙古部人群、突厥语的哈萨克游牧人群和维吾尔农业移民共同居住的地域。
直到公元9 世纪前叶为止，南疆基本上处于印欧语系诸文化覆盖之下，只是在它的最东端，在吐鲁番盆地，情况显得稍微复杂一点。在那里出土的吐火罗语文书和梵文佛经抄本，表明当地土著亦属印欧语人群，甚至连“吐鲁番”这个地名也可能源于东伊朗语词druva－pāna（译言“安全的城塞”）［9］。唯自5 世纪以后，最初受柔然扶植的汉人阚氏政权及其后的张氏、马氏和麴氏政权相继统治该地。唐攻灭高昌国后，又设州县于其地。汉化的影响力于是在这里日渐强大，以至于有学者迟疑地以为：“吐鲁番盆地的居民在突厥化之前究竟从何而来，以及如何确定其族属，这个问题还远远没有解决。”［10］唐前期在西域的驻军，远至碎叶水（今名楚河）之西的塔拉斯河流域。唐的军事经略更从那里西南行，穿越全部帕米尔高原，抵达兴都库什山脉。
新疆在历史上发生过的最重大的人口事件，与回鹘人统治下的游牧汗国于9 世纪中叶在蒙古高原上的瓦解密切相关。9 世纪40 年代几乎同时发生了两件大事。吐蕃王国的最后一任赞普郎达玛被刺事件及紧随其后的王国解体，极大地动摇了安史之乱后吐蕃对从河西走廊西至七河流域诸地区的政治控制。另一方面，立国于漠北草原的回鹘汗国被它从前的部下黠戛斯攻灭，导致大批回鹘人从蒙古草原离散，不少人口迁居到在此之前已经先后被回鹘征服的龟兹、吐鲁番、博格达山北麓山地以及河西走廊诸多绿洲。“高昌回鹘”（或名“西州回鹘”）“甘州回鹘”“肃州回鹘”“沙州回鹘”等名称自此常见于北宋历史文献。一些分子人类学家认为，这是在东部新疆发生的，很大程度上是一次大规模的人口替换事件。
迁至高昌等地的回鹘人，逐渐从漠北时期信奉摩尼教改宗流行于其新居地的佛教或基督教东方教会（旧称聂斯脱利派基督教）。高昌回鹘国的地理范围，局限于新疆东部。成书于11 世纪的《喀什噶里词典》提及它境内有“五城”，包括唆里米（今焉耆）、高昌、彰八里（今昌吉）、别失八里（在今吉木萨尔县境内）、仰吉巴里（在今玛纳斯县西）［11］。其辖地西至龟兹（今库车）与疏勒（在今喀什东）之间，南括今罗布泊，西南与于阗王国毗邻，正西则与喀拉汗国接壤。
根据穆斯林史料的记载，喀拉汗国起源于活动在西部天山的突厥语游牧部落联盟。构成这个联盟的主要人群之一，应是曾与回鹘和拔悉密部一起颠覆第二突厥汗国的葛逻禄部［12］。据后来的传说，10 世纪上半叶，萨图葛·博克达汗带领大批国民皈依伊斯兰信仰。10 世纪下半叶，喀拉汗国军队南侵塔里木盆地，曾与于阗李氏王国为争夺疏勒发生激烈战争。于阗在970 年前后一度攻占疏勒，派佛僧持国书至宋，要向宋朝赠送从疏勒缴获的“舞象”。10 世纪后期，喀拉汗国征服疏勒。11 世纪初，于阗亡于喀拉汗国。《喀什噶里词典》这样描写征服者们的行径：“冲毁他们如洪水席卷/ 我们出入于他们的城池之间/ 捣碎偶像教的庙宇/我们在佛头上溺便。”幸存至今、写成于喀拉汗国征服于阗大约一百年后的一束当地文书，包括三件突厥语契约，另有十二件使用阿拉伯文，其中五件是用回鹘字母来拼写阿拉伯语的［13］。这些文书十分生动地反映出，至少是在书面语文的范围里，突厥语以及作为官方语言的阿拉伯语业已取代原先流行的塞语。
于是我们看到，前后相差一百五十多年，从塔里木盆地的东端和西端相继开始的突厥化过程，如何全方位地改变了那里原有的印欧语人群的社会及其文化面貌。和田（和田文：Hvatana/佉卢字铭文：Yuti）和库车（kusi）的名称分别改变为“斡端”（Udun/Hotan，“忽炭”）和“曲先”（Küsen），就是印欧语地名突厥化的生动例证。15 世纪之后，今新疆大致形成三个突厥文化区。北疆属于突厥化的察合台后王政权根据地，故被称为“莫卧勒斯坦”（Moghulstan，即蒙古地面）；南疆西半部称“额蒂·沙尔”（Elti－shahr，译言“六城”），是突厥－伊斯兰化的绿洲农业区；它东面的吐鲁番和哈密盆地虽然也在信仰伊斯兰教的突厥化蒙古人统治之下，当地人口却已然演变成入居该地后大面积改宗佛教的回鹘人群，故长期保有“畏兀儿斯坦”（Uyghulstan，即回鹘地面）之称。
那里发生的再下一个阶段的变化是，随着伊斯兰教从南疆西部不断向东传播，“畏兀儿斯坦”的佛教徒越来越多地改变原有信仰，成为穆斯林。南疆东部伊斯兰化的结果，导致被穆斯林视为“异教徒”的同义词的“畏兀儿人”最终消融在向东扩张的“突厥人”（Turki）之中。“畏兀儿人”的名称出现在当地留下的文献里，最晚到17 世纪上半叶为止。描写依思哈克·瓦里（Ishaq Vali，死于1597 或1598 年）生前事迹的一篇波斯文的“圣徒传”说，受在吐鲁番活动的他的一名和卓信徒的祈请，他在那里显灵，并医好了当地宗教法官女儿的重病。“那时有近三万畏兀儿异教徒围绕在和卓身边。他们全都成了穆斯林。”［14］据发现于酒泉的畏兀儿文《金光明最胜王经》的几处题记，这部抄本写于康熙二十六年（1687）的敦煌［15］，乃是我们现在知道的有关畏兀儿人活动的最后记录。可以说，名为“畏兀儿”的人群在吐鲁番、哈密最终消失，至晚约在17 世纪下半叶。
又过一百多年之后，近代东方学再度将当日西域居民与历史上的“回鹘”人群及其语言和文化联系在一起。这一学术上的发现与20 世纪初发生在俄罗斯的新疆移民人群，以及从那里又东传到新疆当地的民族主义运动结合在一起，推动了现代维吾尔族的形成。现在被包括在这个民族里的，不仅是古代“畏兀儿斯坦”居民的后裔们，还有“额蒂·沙尔”的古代穆斯林后裔（在“维吾尔”之称复兴时，这两者已拥有一个共同名称即“喀什噶里”，而它们的差异则已经被绝大多数当事者遗忘了），以及被西蒙古和清王朝从南疆迁往伊犁地区的“塔兰奇”人（taranchi，译言“耕田者”）［16］。
由于自然条件的特殊性，这个“瓶颈”地区成为过往人群各种遗物（包括人类自身的遗骸）的天然保存柜。研究欧洲考古学和印欧语言学的马洛里教授这样形容新疆考古遗迹的惊人多样性：“有关塔里木盆地的各种最早记述所描绘的社会，其语言和族裔的多样性，足可与今日人们会在一个国际枢纽空港看到的复杂程度相比拟。大漠上的沙堆在保存干尸、干尸上的衣着及其他随葬物品，保存书写在石头、木片、皮革，或写在出于汉人伟大发明的纸张之上的数不清文献方面，起到了很好的作用。20 世纪早期一个前往塔里木盆地的德国探险队，带回来十七种不同语言的文本。如果把自己想象成一名往返于8 世纪丝绸之路上的行商，我们就能大概领略上述那种语言现象的复杂性。来自西方的最常见商人在家里说的应该是粟特语。在他曾到访过的佛教寺院里，经文可能是混合梵语的，而日常用语则是吐火罗语。如果他的行程是往南抵达和田，他或许需要用和田塞语从事交流。如果他在那里遭遇来自南边的劫掠，他就必须说吐蕃语以求从对方手中解脱，或者指望被说汉语的军队解救。他甚而会突然碰到一名买卖羊群的说现代波斯语的犹太商人。如果他看清了正在转变的风向，他还会让他的儿子们花时间学习回鹘语，一个重要的突厥语部族的语言，这个部族将在9 世纪君临塔里木，变成下一个支配该地的族裔－语言群体。”［17］
正是因为古代新疆在语言、历史与文化方面如此惊人的多样性，所以在那里的发现才会在近现代学术研究史上掀起一阵又一阵强劲风暴。
由于清前期对中国西北疆域的大规模军事经略，更由于道光、咸丰以降中国面临的西北边疆危机，晚清读书人治“西北舆地之学”遂大成风气。这门学问所承袭的，基本是“乾嘉汉学”博大精深的考据传统。与此同时，受殖民列强在中亚争霸的局势及“重新发现中亚”的探险考察所激发，欧洲东方学对包括中国新疆在内的“突厥斯坦”各人群、语言、历史、地理及宗教的认识也日益深入。“西北舆地之学”得欧洲东方学的助力，开始转型为现代历史地理领域内可以称作“边疆历史地理”的一个专门学科方向。
19 世纪欧洲对新疆的研究，主要围绕四个方面展开：一是西方汉学家们先后将中国“正史”里诸多“西域传”及古代求法高僧传（如《大唐西域记》《大唐慈恩寺三藏法师传》《法显传》）译为西文并详加注释。二是由突厥学家从事的对中亚突厥语诸方言资料，和以察合台语为中心的中期突厥语文献的收集、刊印和翻译，最重要成果中包括拉德洛夫的四卷本《突厥语方言词典》（1888—1911）《阿布尔嘎齐突厥世系》《沙班尼传》等书的刊译，对《福乐智慧》的研究也在这时起步。三为在外交官、军人等对当地政治及对外关系形势调查研究的基础上形成的诸多旅行记和报告书。四是开始利用伊斯兰时代的波斯语、察合台语和突厥语等文字的当地资料来从事对喀拉汗国史、喀什噶尔史、东部突厥斯坦史的综合性素描。到本世纪末，这一领域的研究基础已相当雄厚，而学术巨人巴托尔德的出现，更将突厥斯坦历史文化的研究推向一个新的飞跃发展的阶段。
上述新飞跃的产生，也与发生在世纪之交的两组重要发现，即瑞典探险家斯文赫定先后在和田东北沙漠深处和罗布泊西岸探察到“丹丹乌里克”（1895）和楼兰古城（1900），以及吐鲁番出土文书的流入俄国（1893）和敦煌藏经洞的偶然发现（1900）直接相关。受这两组事件的刺激，英、德、俄、法、日、瑞典等国的“科学考察”团队争先恐后拥入中国西北，大量攫取属于中国的珍贵历史文化遗产。敦煌胡语文献几乎被他们悉数劫走；汉语文书残留在中国的，其写本种类和内容的精彩丰富也无法与收藏于英法者相比肩。与敦煌文书的流出状况不同，吐鲁番文书非出于集中收藏，因为出土零碎杂乱，难以一网打尽，而且自20 世纪50 年代以来还在源源不断地被发掘出来。所以中国在吐鲁番文献收藏方面的优势将会随时间的推移而日益显现［18］。
新资料的大规模涌现促成了关于新疆的新知识的极大增长。新疆回鹘语文献（还有蒙古高原上的古突厥碑铭）的发掘和识读，将人们对突厥语的了解从以察合台语著称的“中期突厥语”推进到它的古代形态。由于以柏林和列宁格勒为两大学术中心的突厥学的发展，将古代突厥和回鹘语文本与汉语有关草原时代的古突厥人、回鹘人以及绿洲时代回鹘人的记载放在一起从事对读与互证，从而对古代突厥人和回鹘人的政治、社会、宗教乃至其日常生活各层面进行深入细密的研究，方始成为可能。
另一组新发现资料即属于东伊朗语的塞语、粟特语文书，以及吐火罗语文书，成为推动学术界更详实地了解突厥化之前新疆居民的语言、宗教、文学和日常生活的重要素材。此外，被探险队带走的汉语、藏语文献也被充分使用于新疆历史文化的研究。大约始于此时的对大量西夏语文献、壁画及其他物质资料的解读，同样大幅度地增进了我们对古代新疆文化和生活史的认识。
本节最后拟以枚举方式，介绍新疆出土的用以书写各种宗教和世俗文献的主要语言文字。所有这些书面文字出现的最早年代，均不先于公元2 世纪。这些书写体系，似乎都是从外部世界传入的。
和田塞语。更早时期的“塞人”后裔们所说的一种语言，与粟特语、花剌子模语等同属中古形态的东伊朗语族。据说与现代的瓦汗语（Wakhī）、高加索山地的奥塞蒂语（Ossetic）甚为接近。书面语用婆罗米字母来拼写。和田文书写系统与和田文佛教写本的最初出现略约同时。现存文本除有少数写在木板、壁画，乃至一个广口坛子之上（用佉卢字母书写）的以外，大多数是写在纸上的手稿。它们主要是从和田地区和敦煌藏经洞内发现的。在和田发现的大多属“老和田文”（5 世纪中至9 世纪初），文本残破较为严重。敦煌写本则多属“新和田文”（总共两千三百余件，大多写成于10 世纪或稍后），文本保存情况较好，最长的卷子达二十米，上面写有一千一百行文字。上述差异也许反映出，从790 年至9 世纪中叶吐蕃在和田的统治，中断了当地原有的佛学传统乃至与之相联系的老和田文书写系统。一大部分和田语文献是韵文，还不清楚其体裁系源于印度还是为当地原产。现存文献大都是佛经翻译或改写，此外也有非宗教训喻性质的文学作品，以及世俗文书如契约、国王敕令、户籍账簿等。
在位于库车和喀什噶尔之间的佛教遗址图木舒克及巴楚，还发现了从语言形态来说更为古老的一种和田塞语文献。共有约十五件文书残篇，内容涉及公私书信、若干小乘佛教经文（如《无诤念王本生经》）和一种摩尼教文本。有学者建议当名之为“据史德语”。和田语与图木舒克语的互相接近程度，远远超过它们与任何其他伊朗系语言的关系。尽管纯粹出于推断，语言学家们还是相信二者应出于游牧于中亚的同一个人群的语言，不过在公元前第一千纪下半叶，在二者分别定居于今和田和图木舒克绿洲后，他们之间就很少发生联系了［19］［20］。
与和田塞语同时代的今喀什地区的人们，说的又是什么样的语言？现在还缺乏证据，可以让我们在这个问题上形成比较确凿的认识。但是学者们猜想，他们的语言也许与和田塞语相差不大。
吐火罗语。一种只遗留在新疆的用婆罗米字母来拼写其书面文献的死语言。在塔里木盆地东部，从阿克苏到吐鲁番的三十多个古代遗址中共出土七千六百多枚吐火罗语文书（内中约有一半已经有过学者较详尽的研读。一说乙种吐火罗语的出土文献约有一万枚，甲种吐火罗语文献则有约两千枚），其年代约为四百年至一千二百年。与分布于亚洲的其他印欧语系诸语言都属于印度－伊朗语族不同，与吐火罗语更接近的，是分布在西欧的凯尔特、希腊、意大利或日耳曼诸语。它被分为甲、乙两种语言。
甲种吐火罗语文献的主要分布地区在焉耆。虽然有证据表明，在文献形成的年代它似乎至少还在若干地方作为口语存在，但流行于包括焉耆在内的绝大部分吐火罗人分布区域的口语仍应当是乙种吐火罗语（又称库车语），而甲种吐火罗语已演变成与大多数人口语相脱离、专用于佛教经文或法事仪轨的“教会语言”。乙种吐火罗语文献拥有更大的词汇量，DougAdam 编订的词源学词典（1999）共收录两千五百六十个语词，其中百分之五十八的属于原生性的印欧语语词，百分之三十七的源于可追溯到诸印度－伊朗语的佛教混合梵语。源于和田塞语和粟特语的外来词都是在相当晚近的时期才借入的。
此外，透露在楼兰、尼雅诸废址出土的用佉卢字母书写的西北印度俗语（又名“犍陀罗语”）文献内部的信息表明，使用该种书面语的人群的母语，实际上也是一种吐火罗语。
占压倒多数的吐火罗语文献出于佛教寺院，包括佛经译抄本、发愿文、剧本、咒语咒法、寺院内部管理的文书等；也有少量属于世俗性质的，如医药、驿传、账册、契约文书；还有一件是摩尼教经文。已发现的吐火罗语文献，大都已相当残破，因此“可加以处理、从而用作研究的文献数量要远小于文献总数量可能带给人们的过度期望”。
回鹘语与“黑韩语”，以及用回鹘字母来拼写的回鹘文与黑韩文。塔里木盆地突厥化之后，二者成为那里的主体语言。回鹘字母似乎是蒙古草原时期的回鹘人根据粟特字母创制而成的，但草原时期的回鹘人主要采用从突厥人那里借入的鲁尼字母来书写自己的语言。直到回鹘西迁后，回鹘字母才逐渐流行起来。大多数回鹘文书都难以精确断代。但是，“从一些序跋的情况和其他一些并不太直接的理由来看，大部分回鹘语摩尼教［文献］和最古老的佛教文书的时代应在8 至10 世纪左右。写成于10 至13 世纪的文献大多为佛教内容或其他非宗教的文书。”［21］回鹘字文书有反映社会经济关系的借贷、典当、租佃、收继契约与各种收据等世俗内容的，有佛教和摩尼教文献，还包括带有拜火教痕迹的基督教东方教会（聂斯脱里派）文书、文学作品如剧本《弥勒会见记》译本和《乌古斯汗传》、医学文献等。黑韩语最具代表性的作品则是《喀什噶里词典》和《福乐智慧》。后者的抄本有使用回鹘字母的，也有使用阿拉伯字母的。它的最原始文本使用了什么样的书写系统，还不太清楚，但很可能还是回鹘字的。
河西回鹘与高昌回鹘人仍在使用突厥鲁尼字母。最著名的例证是斯坦因在敦煌发现的用鲁尼字母抄写于9 世纪的完整的《占卜经》（Irk Bitig），共有一百零六页，分为六十五个部分。有人认为原书可能是用回鹘字母书写的。在新疆，则有出土于米兰的突厥字军事文书，以及吐鲁番突厥字写本与刻文的发现。
随着该地区伊斯兰化过程的逐步深入，大约在14 或15 世纪之后，用阿拉伯字母拼写的书面“突厥语”（俗称“察合台文”）遂占据支配地位。近现代“维吾尔文”便由此演化而来。
犍陀罗语及卢文书写系统。流行于古代犍陀罗地区（在今巴基斯坦西北部的白沙瓦河谷）的中期印度语，是一种十分接近于梵文雅语的西北印度俗语。自公元前3 世纪至公元3世纪，犍陀罗语是印度次大陆西北地域的文学语言和族际共同语（lingua franca）。在1 至3 世纪的贵霜王朝时期，这一语言的使用范围扩大到邻近的印度、阿富汗和中亚各地区，并且成为传播佛教的主要语种。它采用流行于阿凯美尼德王朝东部诸省区（包括犍陀罗地区）的阿拉美字母的变体即佉卢字母为书写媒介（俗称“驴唇文书”），因而显得与采用源于婆罗米字母的印度语族中其他各种语言都不一样［22］。
佉卢字母我的犍陀罗语既不像和田塞语、吐火罗语以及后来的回鹘语、黑韩语那样，曾是古代新疆各主要人群的口语，也不像以下将要叙述的藏语、粟特语、大夏语（巴克特里亚语）、帕伊亚语、波斯语、叙利亚语等那样，属于曾统治过古代新疆的人们或往返过客及留寓者们在那里留下的语言遗迹。它是被新疆绿洲王国采用为官方书面语言的外来语，也是迄今所知最早的新疆书面语。它曾流行于2 至4 世纪的和田、库车、尼雅、米兰、楼兰等绿洲，使用于楼兰的时间最长。现存文献有近千件（近二三十年来的若干新发现未计入），内容涉及国王告谕、公私信件文书和佛教经文，后者中最著名的就是和田出土的《法句经》写本。
佉卢字母也被使用在这个时期和田冲制的钱币，即所谓的“汉佉双体钱”上。不过用它拼写的并不是作为官方书面语的犍陀罗语，而是当日人们的口语即和田塞语［23］。双体钱上的“六铢钱”等汉字字样，则是一种象征至高政治权威的符号，是两汉强盛时期对西域的间接统治遗留在当地的一种历史记忆，类似于西域人移用对华北的称呼“桃花石”（“条贯”）来做本地汗或国王的名号。
混合梵语。这当然是指的佛经写本，用婆罗米字母书写。出现在塔里木诸绿洲的梵文写本，无论是在韵文或散体文内，大都难以在文字上做到完全雅驯，故而还不同程度地夹杂着一些俗语词。
藏语。新疆出土的藏语文书，与昆仑山北麓一直有藏人出没关联不大，而是公元8 至9世纪扩张到包括新疆在内的中亚其他地区的吐蕃王国留在那里的遗物。斯坦因和伯希和两人取走的吐蕃文献，被武内绍人称为西北出土古藏文资料的“双璧”。与伯氏所收主要是出于敦煌的纸质古藏文写本及印本不同，斯坦因所收除敦煌纸质藏语文书外，还有出土于新疆绿洲路沿线的大量纸质文本、木简、印戳、陶器铭文等资料。据武内统计，木简总数两千六百多件，斯坦因搜集品中的纸质文书则有六百多件。木简内容大都与吐蕃在新疆的行政及军事活动有关，有不少抚慰已死军人亡灵或祈祷病人痊愈的仪轨文书，也有少量交易文执。纸质文书则包括宗教经文（佛经、苯教文本或其他未能识别的宗教文本），契约，法律、经济、军事、占卜、医药等方面的文书，名录或物品明细录，还有一份汉－藏－和田语三体合璧文本［24］。
粟特语。它的诞生地在锡尔河与阿姆河之间的泽拉夫善河及科西卡河沿岸诸绿洲，元代汉语称之为“河中”。阿拉伯地理学多名以“玛瓦尔阑那”（Mā warā’al－nahr，译言“［阿姆］河外之地”；转译为西文则作Transoxiana，即“奥克苏斯河之外”）。从4 世纪直到被阿拉伯征服的8 世纪，粟特人是中亚最活跃的从事长途贩运的中介贸易商，陆上丝绸之路东段沿途分布着诸多粟特移民点。粟特字母来源于阿拉美字母。除在潘支根特出土的8 世纪前后的八十件世俗文书（“木格山文书”）和2 至8 世纪冲制在当地钱币上的铭文（已知最早的粟特钱币大约属于公元前1 世纪，但铭文释读十分困难）外，现存粟特文资料大部分是在粟特本土之外的吐鲁番和敦煌发现的。此外，在连接中亚和西北印度的巴基斯坦北部各山口，还有行经那里的粟特商人们留下的约六百处简短的摩崖石刻。
粟特文书既包括书信等世俗内容的文书，也有摩尼教、佛教和基督教聂斯托里派文献。用“摩尼字”粟特文书写的摩尼教文献残存较多。粟特人从摩尼信仰改信佛教，乃是受东方移居地文化影响的结果，故粟特语佛教译文多以汉传佛典为原本（包括《善恶因果经》等汉文伪经都被翻译过去了），也有少数译自吐火罗文甚或梵文本，还有一些可能是用粟特语重写或改写的文本（最著名者如粟特文《须大拿本生经》敦煌长卷）。在吐鲁番北部布拉伊克村附近的一个基督教修院遗址里，发现过许多粟特语聂斯托里教文献残片，使用的是较晚期的粟特文，大约写成于9 至10 世纪。此外，还出土过采用婆罗米字母来书写的梵语－粟特语双语词汇表残纸。
巴克特里亚语。与粟特语和花剌子模语等同属中古东伊朗语族，形成于以兴都库什山与阿姆河之间的今阿富汗北部为核心的地区。从被亚历山大征服直到贵霜王朝之初（前4 世纪至2 世纪初），统治该地的希腊化政权乃至游牧的月氏人一直沿用希腊文作为官方书面语。现今所知巴克特里亚文最早见于使用，在贵霜王国的建立者丘就却时期。到他的曾孙伽腻色伽王时代，贵霜钱币铭文由希腊语改为巴克特里亚语。这种以希腊字母拼写的巴克特里亚书面语亦称“希腊－巴克特里亚文”。楼兰发现的一件希腊－巴克特里亚文手稿残本可能写于4世纪，比在吐鲁番的吐峪沟找到的另外七件文书在时代上要早很多。其中有一件提到“罗刹天之王”，应与佛教有关。其他文书的内容尚难详悉。吐鲁番还发现过一件摩尼字母的巴克特里亚文写本残纸。此外，在楼兰佉卢字印度俗语文书、和田塞语和吐火罗语文书中，都可以发现借自巴克特里亚语的外来词。贵霜王朝后期，巴克特里亚之名渐渐不显。此后，汉文史料遂以“睹货逻”替代“大夏”来称呼那个地区［25］。
帕提亚语。里海以东帕提亚地区的口语，伊朗在帕提亚人统治时期（安息王朝，前247 年至224 年）的官方语言。它与波斯语一起构成中期伊朗语的西支，但也有一些与更东面的巴克特里亚语相同的特征。吐鲁番曾发现帕提亚语的摩尼教文献残片［26］。
波斯语。出于新疆境内的最大量的中期波斯语（亦称钵罗婆语）文献，是上万片用摩尼字母拼写的摩尼教文书，与非摩尼教的中期波斯语文献所使用的字母有异。最早的摩尼教文献可能撰写于3 世纪中叶，唯其传抄本的时代要晚得多。但吐鲁番出土的有些文本的形成，则可能晚至8 世纪。这种“摩尼字”也被摩尼教徒用来拼写帕提亚语、粟特语、早期新波斯语、巴克特里亚语和回鹘语的本宗教文献。另一品种以在布拉伊克遗址发现的《圣经·诗篇》中“大卫赞祷诗”的叙利亚文译本残页为典型。赞美诗文本共十二页（11×9cm，双面书写），写有其中的第九十四首至第一百三十六首。由于这十二页不是完全连贯的，所以中间有整首缺空或前后缺行者。这可能是一个书写于6 至7 世纪的传抄本。施杰我（P. O. Skj覸rv尴）认为，原译者的母语当是中期波斯语［27］。吐鲁番还发现过一页讲述动词变化形式的钵罗婆文的语法文书。
叙利亚语。这种语言的聂斯托里教文书，在吐鲁番出土有数千件之多。一起发现的还有回鹘文和粟特文的同类文献。
汉语。作为汉晋和唐代间接统治西域时期的行政语言，在那里留下不少书写于木简和纸张上的汉语文书残片。前凉、北魏和唐朝曾置郡县于吐鲁番。从8 世纪直到伊斯兰文化东进至哈密，汉文明的影响仍在此地持续存在过相当长一段时期。
在这里还零星地发现过希伯来语、阿拉伯语和蒙古语的文书史料。
真是一个充满神奇的地方！在后来浸染了伊斯兰的绿洲/游牧文化和蒙古佛教文化，以绵延千里的荒漠为底色的这方土地上，还印刻着更久远的历史记忆的无数皱纹。每一道皱纹都是一个曲折生动的故事，不是地方性的新疆故事，而是有关人类在旧大陆的广阔历史时空中相遇相识、互相融汇的宏伟叙事
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